S. ja A. Bovalliuksen säätiö sr:n kotipaikka on Pieksämäellä. Säätiön hallinnon muodostavat hallitus ja hallituksen valitsema toimitusjohtaja.
Säätiötä edustaa ja sen asioita hoitaa hallitus, johon kuuluu 3–6 kolmeksi kalenterivuodeksi kerrallaan valittavaa jäsentä. Säätiön hallitus täydentää itse itseään siten. Sosiaali- ja terveysministeriöllä sekä Opetushallituksella on kummallakin oikeus asettaa yksi hallituksen jäsen. Hallitus valitsee keskuudestaan hallituksen puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan. Hallitus kokoontuu puheenjohtajan tai hänen estyneenä ollessaan varapuheenjohtajan taikka toimitusjohtajan kutsusta.
Säätiössä on hallituksen valitsema toimitusjohtaja. Toimitusjohtaja toimii hallituksen kokousten esittelijänä. Hänellä on oikeus ottaa osaa keskusteluun, mutta ei päätöksentekoon. Toimitusjohtaja edustaa säätiötä asioissa, jotka säätiölain nojalla kuuluvat hänen tehtäviinsä.
Säätiötä edustavat hallituksen puheenjohtaja ja toimitusjohtaja yhdessä tai toinen heistä yhdessä hallituksen siihen valtuuttaman kolmannen henkilön kanssa.
Säätiön hallitus valitsee säätiölle tilintarkastusyhteisön toistaiseksi.
Säätiön vuoden 2021 hallitus vasemmalta: Jukka Kärkkäinen, Raisa Sieppi, Varpu Taarna, Liisa Tenhunen-Ruotsalainen, Antti Heikkilä (pj) ja Reino Tapaninen.
Hallitus 2023
Säätiön hallitukseen kuuluvat:
Antti Heikkilä (pj.)
Jukka Kärkkäinen (vpj.)
Raisa Sieppi
Varpu Taarna
Liisa Tenhunen-Ruotsalainen.
Sami Teppo
Vastuullinen tilintarkastaja
Vastuullisena tilintarkastajana toimii Selina Kallinen, KHT, PricewaterhouseCoopers.